Організаційно-функціональна структура АІС "ПОДАТОК" відповідно до структури органів податкової служби включає, в основному, три основних взаємопов'язаних рівні: федеральний, регіональний і територіальний.
Така структура зумовлює створення трьох типів банків даних:
- федеральний банк даних;
- регіональні банки даних;
- територіальні банки даних.
Аналіз представлення даних для передачі інформації по перерахованим вище МПИК між рівнями АІС "ПОДАТОК" показує відсутність одноманітності в форматах файлів, що передаються. Це ускладнює підготовку, контроль інформації на машинних носіях і розробку уніфікованих програмних засобів. Важливе значення для вирішення проблеми органів управління має стандартизація та уніфікація форматів обміну інформацією між банками даних, реалізованими на всіх рівнях інформаційної системи. Інформаційною одиницею обміну даними при реалізації перерахованих вище процесів є повідомлення (пакет обміну даними).
За функціональним призначенням повідомлення діляться на наступні основні категорії:
- передача даних;
- запит в БД;
- електронне листування;
- передача спеціальних даних (наприклад, програм).
За способом подання (опису) інформації повідомлення діляться на дві категорії:
- формалізовані;
- неформалізовані.
Повідомлення оформляється у вигляді файлу на магнітному носії. Передача файлу між абонентами може здійснюється як по пошті на дискетах, так і засобами межмашинного обміну в рамках створюваних міжрегіональних інформаційно-обчислювальної мереж. При цьому допускається використовувати будь-який протокол передачі файлів, що забезпечує прозорий режим, при якому абонент-одержувач має після передачі файл в тому ж вигляді, в якому він був відправлений.
Інформація подається у вигляді текстових файлів в текстовому форматі DOS. При цьому підготовка повідомлення може здійснюватися абонентом-відправником у звичайному текстовому редакторі, що дозволяє створювати файли ASCII-формату. Однак, як правило проводиться розробка спеціалізованих програмних засобів для забезпечення експорту-імпорту даних в складі програмних комплексів для кожного рівня АИС "ПОДАТОК", що дозволяють організувати автоматизований обмін інформацією між банками даних і перейти до безпаперової технології збору та обробки інформації.
У зв'язку з можливістю підготовки повідомлення за допомогою текстового редактора, для підвищення наочності і зручності при ручній роботі в повідомленнях в якості ознак закінчення рядка (фрази) використовуються пари символів "повернення каретки" і "новий рядок" (ASCII-коди відповідно 13 і 10) . Перетворення даних, що містяться в повідомленнях, пов'язані з різним їх поданням до різнорідних операційних і технічних середовищах, виконуються абонентом-одержувачем.